No Massacre de Lisboa de 1506, também referido como Pogrom de Lisboa ou Massacre da Páscoa de 1506, um grupo de pessoas perseguiu e executou milhares de judeus (cerca de 4000, conforme o relato atual de Garcia de Resende), sob a acusação de serem responsáveis pela seca, fome e peste que afligiam a nação.
Apenas a intervenção do monarca D. Manuel I de Portugal pôs fim à revolta, enviando suas tropas reais e punindo severamente os responsáveis.
A historiografia situa o início da matança no Convento de São Domingos de Lisboa, no dia 19 de abril de 1506, um domingo, quando os fiéis rezavam pelo fim da seca e da peste que grassavam em Portugal, e alguém jurou ter visto no altar o rosto de Cristo iluminado — fenómeno que, para os católicos presentes, só poderia ser interpretado como uma mensagem de misericórdia do Messias — um milagre.
Um cristão-novo que também participava da missa tentou explicar que esse milagre era apenas o reflexo de uma luz, mas foi calado pela multidão, que o espancou até à morte.
A partir daí, os judeus da cidade que anteriormente já eram vistos com desconfiança tornaram-se o bode expiatório da seca, da fome e da peste: três dias de massacre se sucederam, incitados por frades dominicanos que prometiam absolvição dos pecados dos últimos 100 dias para quem matasse os "hereges" e que juntaram uma turba de mais de quinhentas pessoas incluindo muitos marinheiros da Holanda, da Zelândia e de outras terras com as suas promessas.
A corte encontrava-se em Abrantes — onde se instalara para fugir à peste — quando o massacre começou. D. Manuel I tinha-se posto a caminho de Beja, para visitar a mãe. Terá sido avisado dos acontecimentos em Avis, logo mandando magistrados para tentar pôr fim ao banho de sangue. Entretanto, mesmo as poucas autoridades presentes foram postas em causa e, em alguns casos, obrigadas a fugir.
Como consequência, homens, mulheres e crianças foram torturados, massacrados e queimados em fogueiras improvisadas no Rossio, mais precisamente junto ao largo de São Domingos. Os judeus foram acusados entre outros "males", de deicídio e de serem a causa da profunda seca e da peste que assolava o país. A matança durou três dias — de 19 a 21 de Abril, na Semana Santa de 1506. Um dos alvos principais do massacre terá sido um cristão-novo que era escudeiro do rei, D. João Rodrigues Mascarenhas, sendo este também detentor de muitos direitos de alfândega nos principais portos do reino (Lisboa, Setúbal, Porto e Viana). Este facto pode ter sido parte da causa que levou os marinheiros a entrar na matança.
