A cidade surgiu com o nome de povoado de Vila Belém.

O povoado era a sede da Cia Fazenda Belém na época da construção da E.F. Santos a Jundiaí na segunda metade do século XIX.

Posteriormente as terras foram compradas pelo Barão de Mauá e utilizadas como acampamento para os operários que trabalharam na construção do túnel sob a serra que liga a cidade de Francisco Morato com o Município de Campo Limpo Paulista.

No início do século XX, a então Vila Bethlém tornou-se temporariamente entreposto de produtos agrícolas vindos de cidades da região e do sul de Minas Gerais, rota que mais tarde foi alterada com a construção do túnel de Campo Limpo Paulista-SP.

De acordo com pesquisas realizadas na época a cidade tinha uma pequena população de 5.000 pessoas.

Contudo, o então distrito de Franco da Rocha, já com ambição de se emancipar para município, tinha a restrição de que as leis brasileiras não permitiam que houvesse no país duas cidades com o mesmo nome, na então situação Belém-PA frente a Vila Bethlém-SP. Assim, o nascedouro município paulista foi obrigado a alterar seu nome.

Foi então que foi sugerido as autoridades locais que recebesse o nome de Francisco Morato, sugestão dada pela Faculdade de Direito do Largo São Francisco, onde o professor Francisco Morato havia lecionado. A proposta foi acolhida pela Câmara Municipal de Franco da Rocha, o distrito de Francisco Morato, tendo a emancipação sido ocorrida no dia 21 de março de 1965, que foi seguida de um plebiscito no distrito e mais tarde aprovada pela Assembleia Legislativa do Estado de São Paulo.

Francisco Morato, era um político, advogado e professor da Universidade de São Paulo e um homem de notáveis realizações.

A partir da década de 1980, começou a crescer sua população por conta da chegada de muitas pessoas vindas do interior do estado de São Paulo e de outras unidades federativas para trabalhar na capital paulista.

A cidade ainda carece de empresas de grande porte, praticamente toda sua economia gira em torno do comércio local que se baseia em lojas de vestuário, calçados, alimentação e serviços.

Mesmo com todos os avanços a cidade ainda é considerada uma das mais carentes da grande São Paulo.